لم يُوثق حضور الناي في الحلقات الصوفية عند ظهوره الأول في القرن التاسع الميلادي، باستثناء بعض الروايات الشفهية البسيطة. وقد بدأ الحضور التدريجي للناي في الموسيقى المولويّة الصوفية مع صعود الحركة المولوية في القرن الثالث عشر، ليصبح في نهاية المطاف الأداة المعتمدة لمرافقة هذا النمط.
ونظرًا لأن الصوفية كانت بعيدة إلى حد كبير عن المراكز الحضرية، فإن الناي لم يحظَ بنفس المستوى من التدوين والتوثيق التفصيلي مثل الآلات الوترية الأخرى، وأبرزها العود.
يُعتقد عمومًا أنّ عوامل تاريخية وجغرافية وثقافية هامة مهّدت الطريق للناي الحديث منذ وقت مبكر يرجع للقرن العاشر الميلادي. خلال هذه الفترة، نضجت المقامات الموسيقية العربية في بغداد (ولاحقًا في الأندلس) على أيدي موسيقيين بارزين جاء معظمهم من بلاد فارس (ولاحقًا من وسط آسيا وتركيا). في ذلك الوقت تمّت إضافة "وسطى زلزل"، مما ساهم بتطوّر المقام العربي. لاحقًا، تم توسيع نطاق العود بإضافة وتر خامس له. وعلى غرار الفلسفة والرياضيات والطب، كان الحوار الموسيقي مفتوحًا في ذلك الوقت نظرًا للانتشار الواسع للحضارة الإسلامية التي شملت عوالم ثقافية متنوعة. لذلك، يُعتقد أن العرب انكشفوا على آلات نفخ مشابهة لتلك الموجودة في الحضارات المجاورة، مثل آلة "البانسوري" في الهند.
حفّزت هذه العوامل صنّاع وعازفي الناي على توسيع نطاقه النغمي وإثراء ألحانه لاستيعاب المقامات العربية المستحدثة ولمواكبة الآلات الوترية التي كانت تزدهر في المجالس الموسيقيّة.
بناءً على الفترات التاريخية المذكورة أعلاه، يمكن حصر هذا التطور في آلة الناي إلى بداية القرن العاشر الميلادي وحتى القرن السابع عشر الميلادي. هذه هي الفترة التي بدأ فيها الناي بمرافقة الموسيقى المولوية، وكذلك الآلات الوترية في المجالس الموسيقية الحضرية تحت اسم "المزامير". ومع ذلك، فمن المستحيل معرفة التوقيت الدقيق الذي وصل فيه الناي إلى المدى الصوتي والأبعاد النغمية الموثقة منذ القرن الثامن عشر. والسبب في ذلك واضح: فمنذ بداية العصر الذهبي للموسيقى في الحضارة الإسلامية في القرن التاسع الميلادي، مرورًا بجلال الدين الرومي (1207-1273) الذي يرتبط اسمه بقوّة بآلة الناي في التقليد الموسيقي الإسلامي خلال القرن الثالث عشر الميلادي، كان التراث الموسيقي يُنقل شفهيًا وليس عبر التدوين الموسيقي. لذلك، لا توجد مخطوطات موسيقية أصليّة كتبها الرومي نفسه (أو غيره من موسيقيي تلك الفترة) تحدّد بدقة كيف كانت تُغنى أشعاره تحديدًا فيما يتعلق بالناي.